Keberadaan mangrove di Teluk Balikpapan memiliki peran vital sebagai rumah bagi berbagai spesies laut, seperti ikan, udang, kepiting, dan kerang. Nelayan dapat memanfaatkan kawasan pesisir dekat mangrove untuk menangkap biota tersebut tanpa harus melaut jauh. Namun, mangrove di Teluk Balikpapan kini terancam pembabatan untuk kepentingan perluasan pelabuhan logistik pendukung Ibu Kota Nusantara (IKN) dan pembangunan Bandara VVIP.